794년(엔랴쿠 13)년, 칸무천황(桓武天皇)의 헤이안 도읍을 옮기면서, 더불어 맑고 깨끗한 샘이 솟아나는 이 땅에 황제의 정원이 조성되었다. 당시는 10만 평방미터의 광대한 정원에 연못과 그 안에 섬, 선착장 등이 있어 달맞이나 꽃놀이 등의 유연이 개최 되었다고 한다. 1603(케이쵸 8) 년, 도쿠가와 이에야스는 니조성(二条城) 건설을 위해서, 금원(禁苑:들어가서는 안 되는 정원)이었던 신센엔(神泉苑)의 부지의 대부분을 성내에 들여놓았다. 현재의 신센엔은 십분에 일의 규모로 축소 되었지만, 누구나 알고 있는 "이케(池)"는 신센(神泉)에서 유래한 지명으로, 지금도 교토의 지역에 그 영향이 남아 존재하고 있다. 현재는 정원 내에 사찰이 병존하고 있다.
